Ariel,
O fluxo “normal” é você publicar o projeto chamando a aplicação de login como aplicação inicial.
Na aplicação de login vc chama o seu menu que dá acesso as aplicações do sistema.
O menu apresenta as aplicações que o usuário tem direito. Para que isto funcione legal, você deve nas aplicações setar o radio usar segurança e no sistema de segurança dar acesso a aplicação. Ainda no menu você configura se quer que as aplicações que o usuário não tem permissão fiquem desabilitadas ou escondidas.
Se tudo isto está certo e ainda assim no menu estiver tudo desabilitado, verifique no banco se as alterações nas tabelas de segurança estão de fato sendo gravadas. Pode parecer bobagem mas logo no início acontecia algo parecido comigo e na verdade eu não tinha sincronizado as tabelas do ambiente de desenvolvimento e o de produção. Como resultado, tudo funcionava do desenvolvimente e quando eu publicava o menu não apresentava nada, posto que na produção a tabela estava diferente.
Dá uma checada ai e posta para gente.