Olá Ariel,
Vc está testando no ambiente de desenvolvimento ou produção?
Você pode desativar o uso de segurança no ambiente de desenvolvimento e testar novamente. (Configurações -> Meu scriptcase -> usar segurança = não). Se o problema persistir, verifique se todas as aplicações foram geradas e se o nome delas está correto no menu.
Se desta forma funcionar, o problema está no modulo de segurança: na liberação das permissões do grupo, no cadastro das aplicações ou no de usuários… daí tem que dar uma revisada nas tabelas.
Att.
Robson