Grande Júlia,
Vamos por parte… creio que você não conseguiu completar a conversão da V5 para V6… qual o banco que estava sendo utilizado na V5? o padrão do SC é o SQLite. Qual o banco que você instalou a V6? o padrão também é o SQLite. Caso ambas as instalações tenham sido feitas com os DBs padrões não existe qualquer dificuldade na conversão… se algo está dando errado aconselho você fazer o seguinte:
a) Desinstale completamente a V6, inclusive apague a pasta V6;
b) Faça um backup completo da V5;
c) instale a V6;
d) Pare o serviço da V5
e) Efetue a conversão.
Se os bancos instalados na V5 e V6 forem diferentes aí a coisa fica complicada… acho que documentei alguma coisa sobre isso… vou verificar e publicar.
Beijoca e manda um abraço pro maridão.