SC9 - Bug no Template da Consulta com Subconsulta

Ao utilizar uma consulta com subconsulta, o mesmo está apresentando perfeitamente no ambiente de desenvolvimento, mas ao publicarmos no servidor de produção o mesmo perde completamente o CSS.
Fiz o teste com os temas antigos (Sc6_Blue, Sc7_BlueSky e Sc9_Rhino).
Já optei pela opção Típica (selecionando incluir imagens e etc) ou Avançada e não apresentou diferença.

Descobri hoje que isso acontece somente se eu escolher a Publicação Avançada, utilizando diretórios personalizados.
Quando utilizo a Publicação Padrão ele funciona.