Bom dia.
Sim Bernhard…
Pelos meus teste o problema está no jstree X ie, consegui fazer um ajuste para que não suma o menu no IE:
abra o arquvo nomedomenu.php, procure a linha:
<script type="text/javascript" src="<?php echo $url_third; ?>/jquery_plugin/vakata-jstree-e22db21/jstree.min.js"></script>
substitua por:
<?php
$browser= $_SERVER['HTTP_USER_AGENT'];
if(stristr($browser, "Chrome") || stristr($browser, "Firefox") || stristr($browser, "Safari") || stristr($browser, "Opera"))
{?>
<script type="text/javascript" src="<?php echo $url_third; ?>/jquery_plugin/vakata-jstree-e22db21/jstree.min.js"></script>
<?php
}
?>
O menu não vai ficar no formato árvore, ficará com todos itens abertos e sem formatação porém é uma saída para quem tem o projeto em produção, até o SC corrigir.
Faça um backup antes e depois, quando publicar novamente essa linha será substituída.