Bom dia,
Identifiquei isto na home do projeto de desenvolvimento do wkhtmltopdf:
http://code.google.com/p/wkhtmltopdf/issues/detail?id=289
O cliente ftp “corrompe” os arquivos do wkhtmltopdf em modo ASCII.
Fiz os testes aqui.
Se faço upload do zip e faço todo o procedimento de descompactar e trabalhar pelo shell a geração de pdf funciona corretamente.
Agora se uso um cliente de ftp para fazer upload da publicação, no meu caso o filezilla ou net2ftp, dá erro na geração do pdf.
O net2ftp envia arquivos rar, zip e etc como binário, mas arquivos php, html como ascii.
Logo, a exportação para pdf não funciona
Obs: Mesmo usando o comando unzip do net2ftp ele trabalha em ascii com arquivos php, html.
No Filezilla se descompacto o zip da publicação na minha máquina e envio em modo ASCII a exportação para pdf não funciona.
Se envio em modo binário sobrepondo os arquivos a exportação pdf funciona adequadamente.
Se volto a enviar em modo ascii sobrepondo os arquivos a exportação para pdf deixa de funcionar.
Espero ter solucionado isto de vez.
Para testar o que digo faça upload somente da pasta wkhtmltopdf no seu prod em binário pelo client ftp.
o default da pasta é _lib/prod/third/wkhtmltopdf/