Já testei o Source Guardian e o IonCube em ambos os casos o sistema rodou sem problemas.
Mas o que o Haroldo disse é verdade, seria muito difícil (não impossível) alguém fazer alterações profundas no seu sistema.
Eu particularmente gosto da ideia de proteger com todos os recursos disponíveis meu código e a melhor maneira que encontrei para fazer isso foi vender meu sistemas como SaaS, tudo esta sobre o meu controle e somente invadindo meu server é que alguém conseguiria pegar alguma coisa.
Só mais um detalhe, ofuscador de código nenhum funciona bem, você tem que comprar um programa que gere bytecodes que serão interpretados por um programa específico dentro do seu servidor, uma boa opção barata é o PHP Shield que usa a mesma engine do SourceGuardian porém não tem alguns recursos como controlar a licença por tempo, domínio, IP.
Abraço a todos, vamo que vamo que mais um ano esta chegando!!