Fiz esses testes no passado, o MySql ganhou do postgre, sqllite e firebird.
A primeiro momento poderá até perceber uma melhora na performance, pois o banco recém criado não está muito desfragmentado.
Faça uma backup completo pelo sc e pelo banco, exclua todos os projetos, limpe as pastas de backup e tmp, otimize e repare as tabelas do banco, restaure o backup, isso vai melhorar a performance, mas com o tempo voltará a cair.
Você pode melhorar a máquina onde está hospedado o sc e o banco de dados.
Você pode aumentar os caches do MySql.