Não é um bug.
A cada versão do SC internamente mudam algumas coisas em função da necessidade da NM ter que melhorar o produto.
Seu código vai funcionar no Mobile se você abrir a página no browser do celular ou tablet em modo desktop, em modo mobile o menu bootstrap não aparece, pelos testes que eu tinha feito logo após a data da postagem original desse tópico.
Como atentei que sua necessidade seria abrir no celular em modo Mobile avaliei que não funcionária como esperado.
Ao abrir a aplicação no celular para aparecer o menu terá que clicar no link que aparece logo abaixo: Exibir versão web,para que o menu bootstrap apareça. Ao fazer isso a pouco responsividade que um formulário Scriptcase apresenta vai se perder. É isso que deseja? Faça o teste também navegando nos registros (terá que desativar janelas output, o que considero jogar a sujeira para debaixo do tapete).
Como dito anteriormente pelo (Editado pela moderação: removido dados pessoais de usuário)
O Bootstrap acompanha uma versão específica do Jquery o que pode coincidir com a versão do jquery que o SC usa no momento ou não, causando erros no comportamento da aplicação.
Vale salientar que ao navegar nos registros do formulário o sc executa os eventos onscriptinit e onload o que pode causar efeitos indesejáveis. Melhor é criar um template de cabeçalho e jogar o html do menu lá.
Uma forma de fazer isso é jogar o código html e bootstrap em uma blank (que trabalha com pouco dependência interna) e abrir o formulário em iframe (não gosto de iframes), mas eu pergunto? Até que ponto isso vale apena? Só se for um caso muito específico e necessário.
https://v9.infinitusweb.com.br/forum_sc/blank_testbootstrap_com_form
blank:
?>
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<title>Bootstrap Example</title>
<meta charset="utf-8">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<link rel="stylesheet" href="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.7/css/bootstrap.min.css">
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.2.1/jquery.min.js"></script>
<script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.7/js/bootstrap.min.js"></script>
</head>
<body>
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<li class="active"><a href="#">Home</a></li>
<li><a href="#">Page 1</a></li>
<li><a href="#">Page 2</a></li>
<li><a href="#">Page 3</a></li>
</ul>
</div>
</nav>
<div class="container">
<iframe src=../form_recibos_1/form_recibos_1.php width=100% height=1000px><ifame>
</div>
</body>
</html>
<?php
*** Quer usar algo específico para mobile, use ferramentas que gerem mobile.
*** Scriptcase para Mobile: Aplicações Blank e/ou Controle com Html customizado.
Evento onAplicationInit deve ser usado mais para preparação de globais.