Olá Pessoal,
Comecei com o SC entre abr e jun/2012, e na época como atualmente estudei o help do SC, vídeos e acompanhei o forum por um tempo, isto antes de iniciar a colocar a “mão na massa”.
Na época tentei ir direto para opção onde o Usuário após o seu login, tivesse uma grade para visualizar as empresas e/ou filiais liberadas, e após mostrar o menu do que ele havia selecionada. Como não consegui, então deixei de lado … 
No final do ano 2017 usei uns 7 a 10 dias úteis para voltar a este “projeto”, e gravei um vídeo de como ficou.
Segue link: https://youtu.be/bT3llZyhqjk
Até então estava criando sub-domínio para cada cliente, e na virada do ano utilizo somente o domínio.
O que ganhei com isto:
Atualização do sistema
Espaço em disco para o sistema
Atualmente o sistema é multi-empresa e Matriz-Filial numa única instalação.
O que pretendo com este post, …, dar incentivo ao estudo antes de postar dúvidas, pois nestes desafios conseguimos aprender muito mais.
Esta forma como fiz era exatamente o que precisava para o meu ERP.