Luis Eduardo,
Você não conseguirá importar projetos/aplicações de uma versão para outra sem que antes efetue a migração.
Proceda da seguinte maneira:
a) compacte toda sua pasta scriptcase (C:\Program Files\NetMake\V5\wwwroot\scriptcase) a seguir crie uma pasta em qualquer local e descompacte todo o conteúdo recém compacto. Isso deve ser feito para preservar que tudo que você tiver desenvolvido na V5 continue fncionando normalmente.
b) a seguir entre na sua V6 e em Ferramentas -> Conversor V5 - V6 e informe o caminho da pasta que você criou e descompactou…
Feito isso, provavelmente não haverá mais necessidade alguma de importar projetos/aplicações, uma vez que tudo que você tinha na V5 será migrado para a V6. E ainda terá sua V5 funcionando normalmente.
Forte abraço.