acombat,
Pelo cenário que descreveu acho que vai ter que tentar modificar no php gerado, ou seja sua aplicação publicada, pois pelo que sei do funcionamento do scriptcase, Ao criar uma aplicação e apenas salvar as modificações, o scriptcase vai salvar no banco de dados dele as informações/configurações desta aplicação(metadados), porém até este momento não existe o arquivo de código fonte (.php), tanto que visualmente você ao lado de sua aplicação desatualizada, após você gerar a aplicação ele lê as informações da sua aplicação salva no banco de dados do scriptcase e com estas informações ele gera o arquivo .php. Logo como você perdeu a informação da sua aplicação persistida no banco de dados do scriptcase, não teria mais como modificar por ele, teria que modificar no próprio fonte, que é bem mais complicado, pois ele gera muito código, só para você ter uma ideia uma aplicação do tipo controle gerada por ele, pelo módulo de segurança para o login gera uns 7 arquivos e em torno de 6 mil linhas de código. Isso para se fazer com php puro não teria nem 10% disso.