Deivite,
Tem alguns scripts meio “prontos” pra isso e também existem gateways de pagamentos. Como você irá utilizar somente boletos não vale a pena pagar por um gateway, apesar que a facilidade que eles oferecem é enorme!
Tem como gerar boletos de qualquer banco, mas o primeiro passo é definir Qual Banco, contratar uma carteira de cobranças (com ou sem registro) com seu gerente e se necessário, solicitar o manual de integração.
Tem alguns detalhes como envio de arquivos de remessa, leitura do arquivo de retorno, formatação do layout do boleto e do “Nosso Número”, etc. Isso normalmente varia de banco pra banco e o gerente poderá lhe dar maiores informações na hora da contratação.
O BoletoPHP é uma solução open source bem interessante pra esses casos, e com alguns conhecimentos em php dá para implementá-lo no teu projeto sem problemas. http://www.boletophp.com.br/
Se desejar optar por um gateway o procedimento é um pouco mais simples. Existe o Cobre Direto que cobra menos de 1 real por transação (pré-pago, o valor depende do plano escolhido) e existe scripts prontos para a integração. Ele já realiza a leitura dos arquivos de retorno e mantém teu sistema informado sobre os pagamentos.
[url]http://www.cobredireto.com.br/[url]
Espero ter ajudado.