Amaro,
A relaçao da NM com seus clientes é complicada mesmo. Eu sou evangelizador do boicote ao suporte. Só pago pelas atualizações, não pelo suporte até que a NM ofereça um suporte de verdade.
Contudo, continuo achando que o SC é bom. Mesmo tendo que fazer um gato aqui, outro ali, conseguimos um ganho de tempo substâncial no desenvolvimento. A medida que vc for pegando intimidade com a ferramenta, vai aprendendo a desviar dos problemas.
Com relação ao seu sistema, pode fazer pelo Sc sim. Tenho sistemas de grande porte em produção. Tomando cuidado antes de colocar atualizações em produção, para não parar o cliente, vai na boa.