Com css se consegue posicionamento em milimetros tranquilamente com o uso de divs, mas a questão é que FPDF usa esse tipo organização justamente por não ter outra forma, euqnato que no html se tem tudo.
Eu nunca precisei ajustar milimetricamente nenhum elemento de relatórios meus, uso basicamente organização com tabelas, mas caso seja necessário é simples de se trabalhar com div´s e ter um ajuste fino de posicionamento.
O Adianti tem um gerador de relatórios visual, ja usei e sinceramente fico com meu dreamweaver e meus html´s, é tudo questão de gosto, mas o que não concordo é que só se pode fazer relatórios de uma página e relatórios simples.
Com html tem-se o mesmo controle de paginação que o FPDF e com a lib wkhtmltopdf do google a conversão de html pra pdf esta quase perfeita a gama de tags reconhecidas é bem maior.