Estrutura do site, raiz , mapa , quero entender mais

Boa tarde amigos…

Espero conseguir expressar minha duvida.

No scriptcase quando crio uma simples pagina, ou paginas… e quando ele enviar para FTP … ele criar varias pastas, gostaria de entender melhor como funciona esta estrutura criada.

tipo em um CMS tipo o Opencart sabemos que os arquivos visuais estão dentro de categorias catalog\view\theme\templatecriado
e que fora a isso estão modulos e etc…

Não sei se to sendo claro…