Erro seleção - sistema multiloja

Pessoal, aqui na empresa temos um sistema ERP que existe há muitos anos, boa parte desse sistema está sendo portada para a web, utilizando, claro, o ScriptCase, recentemente colocamos esse software online dentro da própria empresa, e como o sistema anterior é multiloja, este feito em ScriptCase também deverá ser.

Portanto, de uma hora pra outra a seleção de empresa e lojas parou de funcionar, o ScriptCase está louco, tipo, seleciono a Empresa 1, ele traz as lojas da Empresa 2 e vice-versa. Já tentamos tudo com o suporte e até agora nada, alguma sugestão do que podemos verificar em nossa aplicação?

PS1.: A seleção de loja no ERP que está sendo portado para a web, está normal.
PS2: Desculpe se não estou sendo muito claro, pois ainda não domino a ferramenta.

Cada empresa possui um banco de dados separado e vc troca a conexão conforme logon?