Boa tarde,
Tive problema para migrar um projeto meu com 94 aplicações. Ao tentar migrar, ele acusava que teria terminado, porém quando abria o projeto, não existia nenhuma aplicação nele.
Percebi que a causa provável é por utilizar de incremento de versão. Este projeto já possuía 133 versões. Consegui fazer a migração somente “acabando” com as versões.