duvida sobre subdominio no apache

Boa noite pessoal vejamos se vocês podem me auxiliar com uma duvida técnica do apache.
Estou utilizando o Centos 6.8 com CWP (http://centos-webpanel.com/).

Estou com uma empresa aqui que tem 3 filiais, quando eles digitam o dns do no-ip cai no servidor normal e podemos utilizar o sistema, mas agora surgiu a necessidade de que sejam incluidos outros sistemas para as filiais e eles gostaria de acessar como um subdominio. Exemplo:

filial1.dominio.ddns.net
filial2.dominio.ddns.net
filial3.dominio.ddns.net

A filial 1 quem desenvolveu o sistema foi eu, está rodando certinho no scriptcase. Quando é digitado dominio.ddns.net/sistema ele cai no sistema, mas eles gostariam que fosse digitado ao invés do /sistema, fosse filial1.dominio.ddns.net.
A segunda filial tem um RP que necessita alterar o .htaccess para rodar e esse não consegui implementar.

Pelo CWP eu consigo criar contas para as filiais realizarem backups pelo cobian no servidor, mas não consigo criar esses subdomínios no apache central.

Alguém já passou por isso e sabe me auxiliar?
As pastas que são acessadas em rede ao digitar o ip e ao digitar o ddns é o /usr/local/apache/htdocs
Quando crio um usuario ele cria no /home/nome do usuario

Na verdade não são bem filiais, são irmãos que dizem ser filiais. Hoje cada um conta com um servidor em sua empresa, mas eles querem migrar tudo para um único servidor que foi adquirido em comum acordo que é bem melhor ao servidor hoje utilizado por eles e cada um exerce um ramo de atividade diferente, por isso que não utilizam o mesmo sistema.

Aqui é um forum Scriptcase, acredito que um forum mais específico poderia lhe ajudar.

Esse servidor é Linux ou Windows, a parte de hospedagem foi configurada como revenda? se for é só entrar no Painel da Revenda e criar o domínio, ai eles podem usar o mesmo,
servidor e cada um fica independe do outro sistema.

Aqui segue um exemplo do Painel de Revenda WHM - Linux:

Estão usando o mesmo IP, servidor mais o domínios são diferentes.

E hoje em dia não compensa ter servidor ‘físico’ na empresa, compensar alugar na Web, 1000% melhor custo benefício.

Jailton, estava utilizando o Centos 6.8 com o CWP (http://centos-webpanel.com/).
Estava rodando ele em rede local e outras filiais estavam acessando ele pelo documento root.

Dentro do CWP eu consigo criar uma revenda e consigo também criar os subdominios, mas não consigo deixar esses subdominios no Document Root (/var/usr/local/apache/htdocs) -> Caminho do Document Root do CWP

Alguma sugestão?!

Outro problema que tive é criar um usuário de acesso FTP, até consegui conectar ao document root quando acessado, mas não consegui realizar as permissões de delete, insert… nos arquivos via ftp

Este servidor não é terceirizado, eu quem estou tentando implantar na empresa, ele vai ficar numa das filiais

o padrão do cwp e /home/dono/… ou consegue mudar na hora que ta criando o dominio

Então trabalho com o tradicional (HWM Revenda e Cpanel) $ Pagos, para o cliente, que o padrão universal é: /home/dono/…

Esse (http://centos-webpanel.com/) parece bem cheio de recursos, mais ai você teria que correr atrás de fórum, deles, etc, para descobrir o procedimento correto.