Esse tipo de segurança que mencionaram acima é pra que um usuário não acesse determinada… ou todas as aplicações sem passar pela tela de login do seu sistema!!
Então… pra que você libere o acesso a essas aplicações, na sua aplicação login você deve, após validar o usuário, liberar a(s) aplicação(ões) que desejar… (lembrando que a aplicação de login não deve estar com a segurança habilitada.
Segue um tópico de exemplo completo:
http://www.netmake.com.br/forum/index.php?topic=1878.0
Se você se refere a estar rodando a sua aplicação e ficar aparecendo essa mensagem de acesso negado… existe uma opção (configuração -> meu scriptcase -> Habilitar uso de Segurança) que se vc desabilitar… no ambiente de desenvolvimento ele não apresenta mais essa mensagem… porém quando vc publicar ele no seu ambiente de produção… as aplicações ficam protegidas e só são liberadas pelo login!
Espero ter ajudado…