Haroldo,
Mudando via css vai mudar todo o option a não ser que haja marcação em algum. O exemplo abaixo muda todos os option:
Style:
select option {
background-color: "#000";
color: "#fff";
}
Agora usando o jQuery seria percorrendo os option e mudando a cor dos que se encontra no segundo select.
Jquery:
var select_orig = $("select_um option").,
select_dest = $("select_dois option");
$.each(select_orig, function(i, e) {
/* aqui verificaria se o value se encontraria no segundo select, no caso o select_dest */
if(e.value == "Valor do option que deseja") {
$(this).css("backgroundColor", "red");
}
}
Se em cada option tivesse uma marcação poderia usar direto via CSS.
PS: Fiz o código sem testar, não sei se está correto, mais a lógica seria essa.