Boas
Alguém aqui já fez uma aplicação no SCRIPTCASE para criar apagar cron job sem termos que fazer isso por linha de comando no linux.
Se o usuário do apache tiver acesso ao arquivo do cron, o php com fopen pode sim editer esse arquivo e manipula-lo.
Muito Obrigado pela rápida resposta Haroldo, mas o que eu queria era uma aplicação, que pode-se depois ser gerida pelos vários autorizadores da minha aplicação
em que eu tenho varias empresas e cada uma dela tem que poder criar e apagar os seu cronjob :), é que se aqui ouve-se alguem que tivese ja perdido o seu tempo e quiser partilhar essa aplicação 
www.scpvendas.com
Este software depois tem uma aplicação em android
http://www.scpvendas.com/index.php/testar/telemovel
Haroldo, só uma pergunta, não seria arriscado deixar desta forma com estas permissões no usuário do apache, digo isso porque trabalho também com o moodle e pessoas que trabalham com segurança aconselham desabilitar a execução do cron via página php. Você já fez isto? Se sim não teve nenhum problema?
Muito show emulador ou seja lá o que for, você desenvolveu esta apliação em android e comola nele é? Dá uma dica rápida de como este AppSurfer funciona.
No meu ver, é arriscadíssimo.
Faz um cron com php mesmo aí você só chama o script a cada x minutos e ele varre o banco e verifica os agendamentos de cada empresa.
O cron job do linux é único, é um arquivo com todos os agendamentos separados por usuários do sistema operacional e não usuários dentro do seu sistema, logo se fosse pelo cron do linux você teria que sincronizar seus usuários do seus sistema com os usuários do linux o que já é uma bela falha de segurança, e como disse o Haroldo deixar o apache executar o cron é pedir pra ter problemas principalmente se sua aplicação fica exposta na web em vez de uma intranet.
Foi o que eu achei também.
Se o agendamento pelo php for apenas para ações de carga de scripts php ou funções do php, acredito ser uma solução menos arriscada, mas se a intenção é agendar ações executadas pelo sistema operacional, aí o problema da segurança continua o mesmo.
Bem lembrado!