Bom dia!
Faz um bom tempo que acontece isso comigo, na verdade desde a versão 7 (que foi a primeira que eu usei).
Uso a publicação avançada por ZIP, e após um certo tempo quando a contagem recomeça, o scriptcase se embanana todo com os arquivos e acaba gerando o zip antigo.
Já tive problemas pois estava tendo varias alterações no sistema, e fiz alteração em um formulário apenas e quando publiquei, ele publicou TODO O PROJETO antigo (porque na mesma sequencia anterior eu teria feito isso).
Desde esse dia eu sempre verifico o conteudo do zip antes de publicar e seu tamanho.
[SOLUÇÃO]
Para evitar que isso aconteça com frequencia, eu apago o conteudo da pasta tmp (certificando que não há nada aberto ou pendente)
Apago os zips do SC baixados para o computador (Downloads)
E para evitar dores de cabeça apago os do servidor também.
Alguém já teve o mesmo problema?