Olá saulobborges
A versão é 5.1.61
Host compartilhado com acesso root?
É um host compartilhado, tenho acesso root, mas não uso o root para conexão ao banco de dados.
Estranho, que eu saiba não há incompatibilidade não, você deu permissão correta para o usuário do banco?
O usuário tem permissão total, todas as outras aplicações tem acesso normal a outros bancos com o mesmo usuário.
As apps estão rodando no mesmo servidor que o banco?
Sim a APP está no mesmo servidor que o BD.
Se não, em algumas configurações de acesso remoto o root é bloqueado, então você terá que criar um usuário com os privilégioa que deseja.
Isso mesmo, está feito dessa forma.
Consigo conectar ao mysql, mas não é listado as bases no dropbox para ser selecionado.