Meu ambiente é Windows 20008 R2 com SQL 2008 R2 express SC9, quando crio modelo segurança nível usuário edito menu com as aplicações de formulário são Cadastro dentro cadastro clientes ao executar somente aparece menu itens relacionados cadastro usuarios, ao criar nome menu aí aparece menu criei cadastro com clientes formulário mas não abre o formulário clientes na aplicação menu está link para formulário item clientes de forma automática não vai não aparece se crio manualmente aparece mas não abre formularios.
Você já sincronizou as aplicações, utilize essa opção no menu. Após essa operação poste aqui se resolveu seu problema.