Nunca acredite numa release recém lançada.
Se você tem apenas uma licença do SC6, e infelizmente não se pode ter cópias paralelas da mesma no mesmo servidor para atestar releases recém liberadas, faça um backup completo pelo administrador do sc, faça outro backup da pasta do sc, para só depois atualizar a release.
gere todo seu projeto e o teste também, depois de homologado só assim você deve voltar a publicar suas aplicações normalmente.
Não uso a V6 ainda, estou tentando minha primeira migração e já com muitos problemas, mas minha intenção é atualizar o SC 1 vez por mês, e datas específicas, e testar todos os projetos para só depois publicar.
Dá trabalho? dá sim, mas mais vale a segurança e a prevenção do que ficar correndo atrás do prejuízo e dependente do fabricante para liberar outra release corrigindo erros da release anterior.