Estava realizando o desenvolvimento em um banco de dados e a configuração de acesso estava como Conexão Persistente = Sim e Usar o schema antes do nome da tabela = Não. Enquanto tinha apenas o schema public, estava tudo funcionando normalmente, porém, quando adicionei um novo schema e com tabelas repetidas, quando vou criar uma nova aplicação, o ScriptCase está repetindo as tabelas e os campos, e não respeitando o dicionário de dados.
Sugiro que quando for setado que não quero usar schema antes do nome da tabela, seja utilizado somente a estrutura do schema public, inclusive para o dicionário de dados, pois não faz sentido disponibilizar outras tabelas que o sistema não conseguirá acesso sem a especificação do nome do schema antes do nome da tabela ou da view.