Atualizando um projeto existente

Estou usando ainda a versão 4 do SC.
Na verdade, estava usando uma versão anterior 4.alguma coisa.
Depois de formatar a maquina aqui, acabei instalando o SC 4 mais recente.
Algumas mudancinhas… mas tudo bem.

Agora preciso “atualizar” um projeto já existente.
Marquei apenas as aplicações que serão atualizadas… cliquei no PUBLICAR… mas dai ele gerou 2 ZIPs!
Antes ele gerava apenas 1… com as aplicações, o “_lib” e só.

agora ele gera um zip com as aplicações e o “_lib” MAIS UM index.php!!!
e o outro zip (bibliotecas comuns) contem o ambiente de produção (pasta conf, file, doc…) ??? Não entendi o porque disso. Pois não posso substituir o que já tem lá no meu servidor.

Alguém me dá uma luz?

.