ola Edivaldo,
uma dica que peguei aqui com o pessoal foi a de gerar um arquivo .ZIP com a minha aplicação e levar direto o arquivo e descompactá-lo direto na pasta onde será publicado, pois tive vários problemas “upando” os arquivos individualmente.
Eu uso um programa muito útil que é o Putty, com ele descompacto diretamente na pasta minhas publicações.
Outra ferramenta que pra mim tem ajudado muito é o SQLyog que faz toda a parte de sincronização das minhas base de dados local com as que tenho publicadas… é muito produtivo pois ele pode sincronizar tanto as estruturas como os dados das tabelas.
Como voce esta começando é bem legal assistir alguns videos que estão no youtube sobre o scriptcase:
destaco aqui dois deles:
publicação típica: https://www.youtube.com/watch?v=KeVaeYKnuMs
publicação avançada: https://www.youtube.com/watch?v=Unzeg3eEefY
Grande abraço