Adicionar aplicação externa

Gostaria de saber como adicionar uma aplicação externa, como por exemplo um aplicativo que faz backup (um executável).

Se você estiver com um servidor web próprio sem problemas, mas se estiver num provedor, dificilmente conseguirá acionar um executável externo.
O PHP tem comandos para isso:
http://br.php.net/manual/pt_BR/function.exec.php

Alguem sabe como posso fazer isso?

Adicionar o que ta escrito em um TXT e um HTML

Ou pode ser algum script em PHP que leia algum TXT em algum servidor de web