Acabei de testar em todos os navegadores no modo anônimo e a lentidão continua.
O problema não está no PHP, no Apache ou no mySql, pois as aplicações rodam no mesmo servidor do SC (127.0.0.1) normalmente.
Só pode estar ocorrendo algum Bug entre o SC e o sqlite após as últimas releases da 9.4, pois nas anteriores tudo funcionava perfeitamente.