A informação configurada através da interface do ScriptCase ( na configuração do formulário ) é apenas para desenvolvimento.
Para produção, é configurado um novo caminho, pois é uma nova estrutura de pastas e arquivos e o ScriptCase não sabe onde você irá colocar seu projeto ( windows, linux, mac ... estrutura de pastas.. etc )
Assim, para alterar o caminho ao publicar, deve-se utilizar a publicação do tipo Avançada.
Na publicação Típica, o caminho sempre será dentro da _lib