José,
O legal é primeiro de tudo você entrar em contato com o seu banco. Eu já trabalhei com vários bancos, e no último mês fiz para o Banco do Brasil. A estrutura de layout do arquivo você encontra no manual deles:
http://www.bb.com.br/portalbb/page44,3766,18879,0,0,1,2.bb?codigoNoticia=21505&codigoMenu=12029&codigoRet=12909&bread=3_2Baixar o arquivo CBR641 (CNAB400) - Arquivo Remessa de 400 caracteres por linha para registro no BB.
Link direto:
http://www.bb.com.br/docs/pub/emp/empl/dwn/Doc2627CBR641Pos7.pdfFalando tecnicamente, basicamente você irá criar uma aplicação no Scriptcase (pode ser blank, controle, etc), trabalhar com as funções do PHP para criação de arquivos (fopen, fwrite e fclose), criar o arquivo txt e sair escrevendo o conteúdo do manual, linha a linha, dentro do arquivo, para depois enviar ao banco.
Não é tão difícil, porém é bastante trabalhoso, principalmente pois cada banco requer algumas informações específicas, ou seja, o trabalho será feito banco a banco.
Abs